Ya han pasado 10 años desde que una enorme esfera llamada Solaris apareciera en el cielo y empezara a enviar criaturas monstruosas a la superficie. En un mundo arrasado, donde la mayor parte de las grandes ciudades han sido reducidas a escombros, el joven Rem Serizawa se dedica a recoger niños a quienes el desastre ha dejado huérfanos y a cuidar de ellos. Cierto día, en las calles azotadas por el ataque de una horda de monstruos, Rem conoce a una misteriosa niña llamada Kû, quien, a pesar de su inocente aspecto, esconde un poder extraordinario...