La pared de la academia Takahara fue destruida por un ataque inesperado. 
La directora planea un trasplante de cerebro y ataca a Tokio y su bebé. 
Por otra parte, Maru y Kiruko son perseguidos por la secretaria de reconstrucción después de dejar las instalaciones de Ibaraki. Nuevos peligros acechan a los dos que van en el Kirukomaru II hacia un nuevo destino. Y ambos mundos se conectan con la Academia Takahara.