Ryuko Matoi, una estudiante de preparatoria que vaga de un lado a otro, llega a la academia Honnoji buscando resolver el misterio de la muerte de su padre. Parece que la presidenta del consejo estudiantil, Satsuki Kiryuin, conoce el misterio detrás de la "espada de tijeras". ¿Será que la única manera de saber la verdad es ganar la pelea?