Ha pasado medio año desde la disputa en el Onceavo Distrito. Como reconocimiento a su servicio en la subyugación del Aogiri, diversos investigadores continúan siendo promovidos. A fin de que un lugar que ha estado vacío por largo tiempo se ocupe, Koutarou Amon, convertido en Investigador de Primera Clase, recibe como compañera a Akira, la hija de quien alguna vez fuera su superior: Kureo Mado. Por otra parte, Kaneki, quien abandonó el Anteiku, examina cuidadosamente el pasado para seguir el rastro de Rize. Junto con Tsukiyama y el grupo de Banjou, establece un nuevo centro de operación en el Sexto Distrito.