Retomando los sucesos de Tokyo Ghoul, esta continuación se ubica dos años después del ataque del CCG al Anteiku. Los ghouls siguen siendo un problema, pero la atmósfera de Tokyo cambió por el aumento de la influencia del CCG. Para poder exterminarlos de una vez por todas, deciden crear una nueva división, el escuadrón Quinx, integrado por humanos sometidos cirugías para incorporar habilidades ghouls. El líder del grupo es el misterioso Haise Sasaki, con varios secretos y un pasado por develar.