El ser trascendental, Atrail, apareció súbitamente frente a Iori. Con una simple petición de su parte, un sorprendente fenómeno comenzó dejando al descubierto una casualidad: el Atrail parece ser una mecanismo que sigue órdenes. Sin embargo, cualquier interacción errónea, y el Atrail podría causar la destrucción total de la Tierra. El único con la capacidad de comunicarse con él es Iori. A la vez que se renueva el balance entre las organizaciones que intentan controlarlo, los "días programados" parecen regresar poco a poco... Sin embargo, alguien más aparece, ¡y su objetivo es Iori!