Han pasado 10 años desde el Gran Terremoto de Tokio. Ganta Igarashi, un sobreviviente de la catastrofe, cursa en secundaria como cualquier otro estudiante. Los recuerdos del terremoto se han vuelto lejanos, y su vida pasa sin ningún suceso extraordinario.
Más un día, la aparición de un hombre rojo en la escuela de Ganta cambia su destino para siempre. Acusado falsamente, es condenado a muerte y enviado a la única prisión completamente privatizada de Japón, Deadman Wonderland, donde las reglas cambian cada día y los errores se pagan con la vida.