La Cadena de Cicatrices emergió victoriosa en su duelo contra los Enterradores. Y aunque perdieron a su líder, Nagi, logran escapar de Deadman Wonderland... pero Ganta no puede abandonar a Shiro. 
Mientras tanto, Tamaki, el director de la prisión, continúa con sus maniobras secretas. Su nuevo plan consiste en crear Deadmans sintéticos, llamados "Apócrifos"...