Naruto es convocado a la oficina de la Hokage Tsunade, donde conoce al sapo sabio del Monte Myoboku y se entera de la muerte de su maestro Jiraiya. Mientras tanto, Halcón, el grupo de Sasuke, y Akatsuki comienzan la búsqueda de los jinchuurikis restantes. Naruto debe sobreponerse de su profundo dolor para descifrar el mensaje que su maestro dejó e iniciar un nuevo entrenamiento que, solo quizá, le brinde una oportunidad de éxito cuando deba enfrentar a Pain.