Hyrule está en peligro y Link debe enfrentarse a Vaati y a Link Tenebroso, quien captura a la Princesa Zelda y a las doncellas. Así, Link recupera la Espada Cuádruple que lo divide en cuatro. Ahora las cuatro versiones de Link deberán unir fuerzas para combatir a las fuerzas del mal usando la Espada Cuádruple.