Link llegó desde pequeño a la aldea de los kokiri. Siendo aún un niño deberá dejar todo atrás para combatir las fuerzas del mal que se han extendido por el bosque de los kokiri, su hogar. El Gran Árbol Deku ha sido poseído por una destructora criatura maligna. Incapaz de sobreponerse al ataque, el mentor de los kokiri deberá decidir el destino de la aldea, confiando de manera plena en la fuerza del Héroe del Tiempo. Pero una sombra siniestra sigue avanzando, y la princesa de Hyrule también está en peligro.