Gracias a la fabricación de la munición capaz de atravesar el núcleo de los gauna, la humanidad parece dirigirse hacia la victoria.Sin embargo, frente a ellos aparece un asteroide que supera en tamaño incluso a la nave colonia Sidonia. Junto con el asteroide aparece Benisuzume, el gauna altamente inteligente, y destruye un pelotón entero. ¡La gravedad y el tiempo son los nuevos enemigos de Sidonia!