En la noche del festival gravitacional, los cuatro más fuertes de Sidonia despegan. Para evitar que el "GAUNA" llegue a Sidonia, la capitán, sin tomar en cuenta el gran número de víctimas, hace que Sidonia acelere de emergencia. ¡Tanikaze, el joven que creció en el subterráneo, atraviesa el espacio para salvar a Shizuka Hoshijiro!