Luego de mucho tiempo de investigación y trabajo, Industrias Pesadas Toha ha completado la construcción del dispositivo de radiación de gravitones, creado expresamente para defender Sidonia y destruir a la Gran Colonia. Cuando finalmente la capitana da la orden de atacar, resurge el científico Ochiai poseyendo e cuerpo de Kanata. Con Nagate herido, Sidonia está en peligro inminente bajo el riesgo de ser atacada por su propio dispositivo de radiación de gravitones...