Ha aparecido un organismo que posee el poder de un gauna y la personalidad de un humano: un híbrido que lucha del lado de los humanos. Gracias a la participación en batalla del híbrido Tsumugi Shiraui, Sidonia ha logrado la destrucción de la pequeña colonia Ocarina. El siguiente objetivo es la Gran Colonia y para hacerle frente Sidonia planea aumentar su capacidad de ataque.