Armado con la Lanza de Longinus, el gigante negro Armaros ha provocado un sin número de catástrofes inauditas en la Tierra para someter a la humanidad. Mientras Asuka viaja a la luna en busca del causante de estos desastres, Shinji y el Súper EVA se enfrentan a una extraña Unidad Tipo 02 de color blanco pilotada por Hikari Hokari, la jefa de grupo. 
¿Podrán los pilotos cumplir sus misiones? ¿Qué descubrirán Kaji y Kensuke al explorar el viejo cuartel de SEELE? ¿Y qué sucederá con Misato, secuestrada por Ayanami N´Quatre para frustrar los esfuerzos de NERV JPN?