La toma militar de NERV ha comenzado. El objetivo es apoderarse de los EVAS, matar a los pilotos y destruir el cuartel junto con todo el personal. Con todo, Gendo sigue adelante con su propio plan, Asuka por fin encuentra una motivación para seguir viviendo y comienza a repeler a los atacantes. Sin embargo, SEELE aún tiene un último recurso: los EVAS en serie descienden de los cielos como buitres dispuestos a destazar el EVA 02.