Shinji y Asuka se inmiscuyen en la relación entre Toji y Hikari. Mientras tanto, la segunda división de NERV ha desaparecido tras un misterioso incidente durante las pruebas con el motor S2 y el EVA 04. Como resultado, el EVA 03 es transportado a Japón y se elige un piloto. Aunque a Shinji debería darle gusto tener un nuevo compañero, ¿qué sucedería si un EVA repentinamente se convirtiera en el enemigo?