El ángel fue derrotado y Shinji está de vuelta en NERV. Rei ya está recuperada de sus heridas y lista para pilotar de nuevo, pero su presencia ha despertado la curiosidad de Shinji, quien se pregunta por qué su padre se interesa tanto por Ayanami. Las cosas se complican cuando debe coordinarse con la distante chica para derrotar al siguiente ángel, una ser invulnerable que pretende acceder directamente al cuartel empleando un gran taladro.