Asuka se rescatada, pero la unidad 01 toma su lugar como unión del fruto del conocimiento humano y la semilla de vida de los ángeles. Mientras tanto, Rei expresa sus verdaderos deseos, se fusiona con Lilith y va en busca de Shinji. ¡El Tercer Impacto ha comenzado y el destino de la humanidad está en las manos de un atormentado Shinji Ikari!