Misato es ascendida, Asuka llega a vivir permanentemente con Shinji, la unidad 00 regresa a las líneas de combate y Gendo finalmente es honesto con Shinji. Un ángel intenta destruir NERV dejándose caer desde la atmósfera, pero tal amenaza palidece ante un sabotaje que deja el cuartel general sin energía eléctrica. Kaji, además de revelar una misión inesperada, le muestra a Misato un enorme secreto que NERV oculta celosamente.