Contra todo pronóstico Shinji Ikari decide volver a NERV y aunque cada vez es más hábil, también se muestra cada vez más reticente. Pero el ataque de un nuevo Ángel que se dirige al cuartel general de NERV captará su atención. La aparición de Asuka revolucionará a Shinji y a Rei y con ella serán tres los pilotos de EVA que protegerán la raza humana.