Con Asuka incapacitada para subir al EVA, es imperativo encontrar a un nuevo piloto para proteger los secretos de NERV. Kaworu Nagisa entra en escena, pilotando con maestría, integrándose en el equipo y sin esfuerzo aparente, entablando amistad con Shinji, que cada vez está más confuso con la cantidad de secretos que no cesa de descubrir…